Importa dizer, no entanto, que o fundamento do governo democrático dos municípios e das universidades públicas é diferente. O governo democrático municipal fundamenta-se no direito que os munícipes possuem de governar o município de que fazem parte. O município pertence-lhes. São eles quem tem o poder de mandar e não os residentes noutros municípios ou o Estado. O governo democrático das universidades públicas não se baseia no direito das pessoas que delas fazem parte (professores, funcionários e alunos) de governar o que lhes pertence, pois as universidades públicas são propriedade de toda a comunidade nacional representada pelo Estado. Fundamenta-se, antes, no entendimento de que elas não devem ser governamentalizadas, pois isso poria em perigo a autonomia científica e pedagógica que a Constituição expressamente garante. O governo democrático das universidades é assim instrumental.
O governo democrático das instituições, quaisquer que sejam, têm na sua essência a prestação de contas e, assim, a transparência. Por isso, se o governo das autarquias locais deve ser transparente, muito mais deve ser o governo das universidades. Os órgãos de governo das universidades têm o dever de provar que estão a gerir da melhor forma a respectiva instituição e isso deve revelar-se na regular e detalhada prestação de contas, prevendo a lei diversas formas de o fazer. Note-se, por outro lado, que os efeitos do mau governo das autarquias locais recaem sobre os munícipes, sobre a sua qualidade de vida e responsabilidade financeira, mas o mau governo das universidades reflecte-se muito particularmente nos alunos actuais e futuros e na qualidade da instituição. Por sua vez, a responsabilidade financeira recai sobre o Estado.
Também se justifica que, nas universidades, a composição do órgão deliberativo seja diferenciada. Compreende-se que na constituição desse órgão os professores tenham uma forte participação (mais de metade dos membros, actualmente), pois os professores e investigadores têm uma responsabilidade acrescida pelas tarefas que desempenham e pela ligação duradoura à universidade. Porém, os funcionários, em termos de gestão, devem ter também uma representação no órgão deliberativo, não só pela sua ligação à instituição, como pelo conhecimento desta e pelas tarefas também importantes que nela desempenham. Os alunos devem ter, logo a seguir aos professores, uma representação significativa ainda que menor, desde logo porque a presença deles na universidade é muito breve. Justifica-se, por outro lado, a presença de membros externos no conselho geral da universidade, nomeadamente se a sua escolha depender de cooptação pelos eleitos, como sucede actualmente. Ela deve ser feita de modo a enriquecer a qualidade de governo das universidades. A sua presença lembra que a universidade é um bem nacional e eles têm a enorme responsabilidade de contribuir e velar pelo bom funcionamento da universidade que os cooptou.
(Em Diário do Minho e Público)